polyphenism

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NORMA-Gene

発現量の定量などに使う real-time qPCR は,PCRに基づくため,増幅効率によりデータがぶれやすい,そのため内部標準遺伝子(reference gene)を用いて発現量を標準化するのだが,今回の論文では ref genesに基づかないで標準化する方法が開発されたようである.

詳細およびどれくらい有用なのかはまだわからないが,注目の論文である.この手の方法論の論文は(有用なものであれば)相当な数の引用となるだろう.



NORMA-Gene: A simple and robust method for qPCR normalization based on target gene data
Lars-Henrik Heckmann, Peter B Sorensen, Paul Henning Krogh, Jesper G Sorensen
BMC Bioinformatics 2011 12:250 


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この記事に対するコメント

注目の論文ですね!使ってみないと何ともいえないですが、直感的に、例えばディファレンシャルディスプレイで取ってきた候補遺伝子を解析する場合など、全体に似た傾向がある場合は、それに引っ張られる気がするんですけど。

(というか、従来のリファレンス遺伝子を探す方法論も、結局有限の遺伝子の中で相対的に変動の少ないものを探すので同じようなことになるのかも?)
シロハラクイナ | 2011/06/28 2:18 PM
そうですね.使ってみないと何とも言えないです.都合の良いref genesを選んでしまうことよりは客観的な気がしますけど,今の段階では何とも...
polyphenism | 2011/06/29 7:07 AM
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